Le limitazioni nella disinfezione endodontica sono dovute collettivamente alla modalità biofilm dei batteri nei sistemi canalari, alle complessità anatomiche, alla struttura/composizione della dentina e alle limitazioni associate ai disinfettanti chimici. Di conseguenza, in Endodonzia vengono sviluppate e testate strategie di disinfezione avanzate. Lo scopo principale di queste strategie avanzate anti-biofilm è quello di eliminare i batteri del biofilm dalle porzioni non strumentate e dalle complessità anatomiche del sistema canalare senza indurre effetti negativi sui tessuti sani. In questa sede sono stati discussi i vari fattori di sfida nella disinfezione del canale radicolare e le diverse strategie terapeutiche avanzate per i biofilm endodontici, come le nanoparticelle antibatteriche, la terapia fotodinamica antimicrobica, la disinfezione canalare laser-assistita, l'ozono e le alternative a base di erbe/enzimi.