Las limitaciones en la desinfección endodóntica se deben colectivamente al modo de biopelícula de las bacterias en los sistemas de canales radiculares, las complejidades anatómicas, la estructura/composición de la dentina y las limitaciones asociadas a los desinfectantes químicos. En consecuencia, se desarrollan y prueban estrategias avanzadas de desinfección en Endodoncia. El objetivo principal de estas estrategias avanzadas contra el biofilm es eliminar las bacterias del biofilm de las partes no instrumentadas y de las complejidades anatómicas del sistema de conductos radiculares sin inducir efectos adversos en los tejidos sanos. Aquí se han discutido varios factores desafiantes en la desinfección del canal radicular y diferentes estrategias terapéuticas avanzadas para las biopelículas endodónticas, como las nanopartículas antibacterianas, la terapia fotodinámica antimicrobiana, la desinfección del canal radicular asistida por láser, el ozono y las alternativas herbales/enzimáticas.