Mitte der 50er Jahre drohte der Algerienkrieg die Kolonialmacht Frankreich zu spalten. Anne Beaumanoir ergriff erneut Partei gegen Unterdrückung und engagierte sich für die Befreiung Algeriens, obwohl sie zwei Söhne hat und wieder schwanger ist. Mit ihrem Mann Jo, gleichfalls Mediziner, beteiligte sie sich am Geldsammeln für die algerischen Aufständischen, wurde verraten und kam ins Gefängnis. Der Verurteilung entzog sie sich und flüchtete nach Tunesien. Die Liebe zu einem Algerier tröstete sie über die Trennung von Jo, aber nicht die von ihren Kindern. Durch den Kontakt mit Frantz Fanon geriet sie in die Regierungsmannschaft von Ben Bella, dem ersten algerischen Präsidenten 1962. Sie arbeitete am Aufbau des Gesundheitswesens bis zum Putsch1965, floh wieder. In Genf leitete sie ab 1965 die Neurophysiologie einer Klinik bis zur Rente.